Στο Τμήμα υπάρχουν οι ακόλουθες δομές Ερευνητικών Εργαστηρίων:

• Εργαστήριο Φυσικής Ακουστικής και Οπτοακουστικής

Σκοπός του Εργαστηρίου Φυσικής Ακουστικής και Οπτοακουστικής είναι η κάλυψη των ερευνητικών και διδακτικών αναγκών του Τμήματος Μουσικής Τεχνολογίας και Ακουστικής σε όλα τα επίπεδα, όπως προπτυχιακό, μεταπτυχιακό, διδακτορικό, και μεταδιδακτορικό. Επίσης, παρέχει δια βίου εκπαίδευση και κατάρτιση σε όλα τα πεδία της δραστηριότητας του.
Το Εργαστήριο αποβλέπει στην ανάπτυξη έρευνας η οποία θα εστιάζεται σε γενικά και ειδικά επιστημονικά θέματα της Φυσικής Ακουστικής και της Οπτοακουστικής, στοχεύοντας στην προαγωγή της επιστημονικής έρευνας σε συναφή γνωστικά αντικείμενα, αναφέροντας ενδεικτικά: (i) την αλληλεπίδραση των ακουστικών κυμάτων με την ύλη σε μακροσκοπικό και μικροσκοπικό επίπεδο, (ii) την ακουστική μικροσκοπία, (iii) την ανάπτυξη ακουστικών πηγών με χρήση σύμφωνου φωτός για διαγνωστικές και ιατρικές/βιο-ιατρικές εφαρμογές, (iv) την παραγωγή φωτός από ήχο, (v) τη χρήση οπτοακουστικών μεθόδων και τεχνικών για τη μελέτη δονήσεων και ταλαντώσεων (π.χ. σε μουσικά όργανα, επιφάνειες, μικρο- και νανο-δομές κτλ), την ανίχνευση ήχων (π.χ. οπτικά μικρόφωνα) αλλά και την ανίχνευση και χαρακτηρισμό μικρο-ατελειών/μικρο-ασυνεχειών, (vi) την αλληλεπίδραση του ήχου με ηλεκτρόνια σε μέταλλα και ημιαγωγούς (ακουστο-ηλεκτρικά φαινόμενα) αλλά και με μαγνητικές διεγέρσεις σε κρυστάλλους, (vii) τη μελέτη συλλογικών ελαστικών διεγέρσεων της συμπυκνωμένης ύλης (φωνόνια), (viii) την προσομοίωση ακουστικών και οπτοακουστικών φαινομένων και διεργασιών (π.χ. παραγωγή, διάδοση ελαστικών ηχητικών κυμάτων) με αναλυτικές και αριθμητικές μεθόδους.
Στους στόχους του εντάσσεται και η συνεργασία με αντίστοιχα Εργαστήρια, Ερευνητικά Κέντρα και Ινστιτούτα, Ακαδημαϊκά ιδρύματα Ελληνικά και της αλλοδαπής, καθώς και η υποστήριξη δημόσιων και ιδιωτικών φορέων με στόχο την επιστημονική συμβουλή και      την παροχή γνωμοδοτήσεων, ως εμπειρογνώμονες, σε θέματα που άπτονται των γνωστικών αντικειμένων του εργαστηρίου, αλλά και η παροχή υπηρεσιών σε ιδιώτες και σε κάθε νομικής μορφής οργανισμούς κατά τα προβλεπόμενα από την κείμενη νομοθεσία. Στις κύριες επιδιώξεις του ανήκουν, μεταξύ άλλων, η ανάληψη, αυτοτελώς ή από κοινού με άλλους φορείς, ερευνητικών έργων & προγραμμάτων, η υποστήριξη των Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Μουσικής Τεχνολογίας και Ακουστικής με την δυνατότητα εκπόνησης της Διπλωματικής Εργασίας, η υποστήριξη του Προγράμματος Διδακτορικών Σπουδών του Τμήματος Μουσικής Τεχνολογίας και Ακουστικής με ερευνητική κατάρτιση που θα προσφέρει σε μεταπτυχιακούς φοιτητές/φοιτήτριες και υποψήφιους/υποψήφιες διδάκτορες σε θέματα Φυσικής Ακουστικής και Οπτοακουστικής, η κοινοποίηση των ευρημάτων του μέσω συνεδρίων, διαλέξεων, ημερίδων και δημοσιεύσεων σε έγκριτα επιστημονικά περιοδικά, η πρόσκληση σημαντικών Ελλήνων και ξένων επιστημόνων που υπηρετούν τα αντικείμενα της Φυσικής Ακουστικής και της Οπτοακουστικής, καθώς και η σύνδεση του εργαστηρίου με παραγωγικούς τομείς και φορείς της κοινωνίας και της οικονομίας, με σκοπό την προαγωγή των ευρύτερων επιστημονικών του στόχων και την ανταποδοτικότητα στην κοινωνία.
Επιπλέον, προσφέρει τη δυνατότητα πραγματοποίησης παντός είδους επιστημονικών μελετών στα γνωστικά αντικείμενα των μελών Δ.Ε.Π. / Ε.ΔΙ.Π. / Ε.Τ.Ε.Π. του Τμήματος Μουσικής Τεχνολογίας και Ακουστικής.
Τέλος, η ίδρυση του Εργαστηρίου έχει γίνει σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία, κι έπειτα από σχετική απόφαση της Συγκλήτου του Ιδρύματος.

• Εργαστήριο Μουσικής Πληροφορικής

Το Εργαστήριο είναι μέλος του Εργαστηρίου Εφαρμοσμένης και Διαδραστικής Πληροφορικής – LATICe, το οποίο είναι μια διεπιστημονική ερευνητική μονάδα που εκτείνεται γεωγραφικά και θεματικά στις περιοχές δύο τμημάτων του Ιδρύματος. Φιλοξενεί και γεφυρώνει τις δραστηριότητες τριών επιμέρους εργαστηρίων, του Εργαστηρίου Διαδραστικής Τεχνολογίας και Συστημάτων Λογισμικού, του Εργαστηρίου Βιο-πληροφορικής και Ηλεκτρονικής Υγείας  και του Εργαστηρίου Μουσικής Πληροφορικής σε ερευνητικά πεδία όπως:

• Τεχνολογίες Εικονικής Συνεργασίας
• Πληροφορικά Συστήματα
• Δικτυακές Υπηρεσίες με έμφαση στη Δικτυακή Μουσική Εκτέλεση και τη Διαχείριση Μουσικού Περιεχομένου
• Πολυτροπικά Συστήματα και Φυσικές Διεπαφές Χρήστη
• Βιοπληροφορική, τηλεϊατρική και  υπηρεσίες ηλεκτρονικής υγείας
• Πλατφόρμες Κοινωνικής Δικτύωσης

Γενικότερα το Τμήμα Μουσικής Τεχνολογίας και Ακουστικής περιλαμβάνει 4 εργαστηριακούς τομείς η λειτουργία των οποίων εξυπηρετεί τις εκπαιδευτικές και ερευνητικές ανάγκες των φοιτητών προπτυχιακού και μεταπτυχιακού επιπέδου με τη θεωρητική τους κατάρτιση και την εργαστηριακή τους άσκηση (εφαρμογή στην πράξη της θεωρητικής γνώσης) στα παρακάτω γνωστικά αντικείμενα.